Sekolah Tinggi Pastoral Atma Reksa (STIPAR) Ende didirikan untuk memenuhi kebutuhan pastoral Gereja Lokal dengan sedapat mungkin melibatkan kaum awam dalam karya pastoral Gereja. Hal ini berdasarkan hasil Musyawarah Pastoral I (1987) dan Musyawarah Pastoral II (1988) di Ende khususnya dalam pemenuhan kebutuhan tenaga pastoral yang berkualitas.
Tampak depan gedung biro sekretariat STIPAR Ende
Berdasarkan cita-cita tersebut di atas, maka didirikanlah Institut Pastoral Atma Reksa (Instipar) Ende dengan Surat Keputusan Uskup Agung Ende No. 34+I/SK/KUS/VI/1990 tanggal 25 Juni 1990. Selanjutnya penyelenggaraan Instipar Ende diserahkan kepada Yayasan Pesekolahan St. Petrus Ende dengan Akta Notaris No. 26 Tanggal 6 Agustus 1990 dengan perubahan Anggaran Dasar No. 40 tanggal 6 Maret 1991 oleh Akta Notaris Kupang. Dan pada tanggal 3 Oktober 1990 Instipar Ende diresmikan berdirinya dengan SK No. 120/B/1.6.80/E/1990 oleh Yayasan St. Petrus Ende. Kemudian yayasan mengusulkan pendirian tersebut kepada Kementerian Agama RI. Pada tanggal 10-11 Desember 1992 Dewan Penilai Karya Ilmiah dan Pangkat Akademik Departemen Agama RI mengutus dua orang untuk melakukan visitasi terhadap sekolah ini.
Pada tanggal 10 Januari 1994, diperoleh izin operasional dengan perubahan nama dari Institut Pastoral Atma Reksa (Instipar) ke Sekolah Tinggi Pastoral Atma Reksa (STIPAR ) berdasarkan SK No. 1 Tahun 1994 dan memiliki status terdaftar.
Perubahan nama tersebut terjadi karena STIPAR hanya mengelola tiga jurusan. Berdasarkan hasil akreditasi internal status tersebut diperpanjang dengan SK No. D.J. IV/HK.00.5/88/1994 oleh Ditjen Bimas Katolik Departemen Agama RI. Selanjutnya dengan mempertimbangkan situasi dan kondisi dewasa ini serta kesepakatan bersama semua Sekolah Tinggi Pastoral yang bergabung dalam APTAK (Asosiasi Perguruan Tinggi Agama Katolik), maka sejak tahun 2009 STIPAR Ende memutuskan untuk menyelenggarakan satu Jurusan saja, yaitu Jurusan Kateketik Pastoral dengan Program Studi Pendidikan dan Pengajaran Agama Katolik.
STIPAR Ende bercita-cita menghasilkan tenaga katekis yang professional di bidang Pendidikan Agama Katolik dan Rasul awam yang berkualitas. Dan serentak dengan itu tenaga tersebut perlu (1) memiliki kepribadian Pancasila, (2) berupaya menjadi pewarta Firman Allah yang berprakarsa dan mandiri dalam kehidupan pastoral Gereja, (3) mencintai dan menghayati ilmu yang menjadi dasar pengabdiannya, (4) mengabdi tanpa pamrih khususnya bagi umat Allah yang terpinggirkan, dan (5) memiliki kecintaan akan etos kerja.
STIPAR Ende juga telah mendapat kepercayaan dari Pemerintah untuk menjadi LPTK Mitra penyelenggara sertifikasi guru untuk wilayah Bali, NTB, dan NTT sejak tahun 2007. Selanjutnya sejak tahun 2013 STIPAR Ende menjadi LPTK induk untuk menyelenggarakan sertifikasi guru dalam provinsi NTT.
STIPAR Ende telah divisitasi dan diakreditasi oleh Badan Akreditasi Nasional –Perguruan Tinggi (BAN-PT) pada tanggal 6-7 Maret 2015 sesuai dengan regulasi yang berlaku untuk Perguruan Tinggi. Namun, SK Akreditasi Badan Akreditasi Nasional (BAN) PT baru didapatkan pada bulan September 2016 dengan No: 2240/SK/BAN-PT/Akred/S/X/2016. Dengan demikian STIPAR tidak hanya dibina dan didampingi oleh Kementerian Agama RI melainkan juga oleh Kementerian Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi. Oleh sebab itu, dengan disusunnya berbagai pedoman sesuai standar yang diinginkan oleh Kementerian Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi untuk melengkapi borang-borang yang akan diusulkan ke BAN-PT maka perlu dilakukan reakreditasi bagi Sekolah Tinggi Pastoral Atma Reksa.